由于我国此前一直将特殊医学用途配方食品作为药品管理，但其实质是食品，主要为患者提供营养支持作用，基本不具有治疗功能，因此按照药物注册的许多要求无法满足，致使已经有很长使用历史并且使用效果良好的产品无法服务于我国消费者。
国际组织和国外发达国家在特殊医学用途配方食品的管理中积累了丰富的经验，对我国该类特医食品标准的制定有重要的参考意义，按照《中华人民共和国食品安全法》的规定，该殊医学用途配方食品在国内的生产流通由国家食品药品监督管理总局负责，进出口则由国家质量检验检疫总局负责。
综合发达国家管理经验，世界各国对于特殊医学用途配方食品的管理定是非常一致的：(1)在食品的法规体系中进行监管，不是药品；(2)为膳食调整的患者特别制作或特殊配方；(3)针对那些对普通食品无法满足需要或进食、消化、吸收或代谢方面受限、有障碍，或因病情有其他特殊营养需求的患者；(4)该类产品必须以医学和营养学为基础，并有科学依据来证实产品的安全性和有效性。
如前所述，将特殊医学用途配方食品作为食品管理符合该类食品的本质属性，也与 CODEX和国际上大部分国家对该类食品的管理模式相接轨，有益于特医食品在我国临床营养应用的发展。
但该类产品在我国的仍处在不成熟的发展阶段，社会、企业、监管部门对其认识还不够，尤其是监管部门还应随着各项法规的出台尽快建立相应的监管制度。
1.强化生产监管制度
相较于国外类似产品的生产规范要求，我国对特殊医学用途配方食品的生产设立了更加严格的门槛。建议依据GB25596《食品安全国家标准特殊医学用途配方食品通则》、GB2923《食品安全国家标准特殊医学用途配方食品良好生产规范》的发布，食品生产监管部门在我国《食品安全法》的框架下，进一步对该类食品建立生产许可审查细则，以规范该类食品在我国的生产管理。
由于我国相关基础标准中(如污染物限量、真菌毒素限量、致病菌限量)尚无特殊医学用途配方食品的分类，为严格管理这类食品，最大限度保护适宜人群健康，《特殊医学用途配方食品通则》参考了国外经验，参考了我国婴幼儿配方食品的指标要求，制定了特殊医学用途配方食品中各项限量要求。
比如，其中对于铅的含量进行了严格限制，特殊医学用途配方食品所使原料、产晶形态及生产工艺与较大婴儿及婴幼儿配方食品接近，且涵盖1-3岁人群，因此标准采用了GB10767《食品安全国家标准较大婴儿和幼儿配方食品》中对于铅的限量要求，即0.1mg/kg。
对于于10岁以上人群，采用GB2762《食品安全国家标准食品中污染物限量》中乳粉的铅限量指标，不高于0.5mg/kg。此外，对于硝酸盐(NaNO3)和亚硝酸盐(NaNO2)的限量值也有明确规定。
同时，《特殊医学用途配方食品良好生产规范》也对特殊医学用途配方食品生产过程的食品安全控制应严格进行污染风险的控制提出了明确的管理要求，比如微生物污染、化学污染，物理污染控制等，还包括食品添加剂和食品营养强化剂的添加等关键控制点管理。
其中，微生物的控制环节，规定用于杀灭微生物或抑制微生物生长繁殖的方法，如热处理、冷冻或冷藏保存等，并实施有效的监控。应建立温度、时间控制措施和纠偏措施，并进行行定期验证。从原料和包装材料进厂到成品出厂的全过程采取必要的措施，防止微生物的污染。
此外，化学和物理污染的控制都应参照GB14881《食品安全国家标准食品生产通用卫生规范》执行，化学物质应与食品分开贮存，明确标识，并应有专人对其保管。不应在生产过程中进行电焊、切割、打磨等工作，以免产生异味、碎屑。
对于食品添加剂和食品营养强化剂的使用，依照食品安全国家标准规定的品种、范围、用量合理使用食品添加剂和食品营养强化剂。
2.加强市场经营和流通的监管
在《食品安全法》颁布后，我国已经建立《食品流通管理办法》对食品的流通进行了规范。考虑到特殊医学用途配方食品需要在医生或临床营养师的指导下使用，建议有必要对特殊医学用途配方食品建立配套的市场经营和流通的管理办法。
特殊医学用途配方食品不同于普通食品，《特殊医学用途配方食品良好生规范》明确了产品的流通环节的基础管理。除了产品的贮存和运输，还规定了产品追溯和召回制度。要求企业建立产品追溯制度和产品召回制度，确保对产品从原料采购到产品销售的所有环节都可进行有效追溯。
当发现某一批次或类别的产品含有或可能含有对消费者健康造成危害的因素时，按照国家相关规定启动产品召回程序，及时向相关部门通告，并作好相关记录；对召回的食品采取无害化处理、销毁等措施，并将食品召回和处理情况向相关部门报告；建立客户投诉处理机制。
3.建议将特殊医学用途配方食品纳入医保目录管理
特定疾病或医学状况下人群的营养不良问题普遍存在，营养不良增加了该类人群的并发症、住院日数、死亡率等，直接导致了卫生资源的消耗增加。已有大量的证据显示，特殊医学用途配方食品能有效改善目标人群营养不良并显著减少医疗费用，很多国家政府已将该类产品纳入到医保目录。
为了改善广大特定疾病或医学状况下人群的营养支持问题，建议待条件成熟时，在我国也尽快将特殊医学用途配方食品纳入医保目录进行管理。
相信随着各项法规制度的完善，以及监管部门的有效执法，特殊医学用途配方食品必将在临床营养支持方面扮演越来越重要的作用，无论在国内企业技术提高方面还是满足人群疾病负担方面，都将发挥巨大作用。